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RNA pull down * 实验简介
RNA pull down是体外条件下寻找目标RNA的结合蛋白的方法。先将体外转录的RNA结合到Beads上，再将RNA-Beads和细胞裂解液孵育，这样与目标RNA结合的蛋白便会一起吸附在Beads上。洗涤掉不结合的蛋白后，用洗脱液将RNA-protein复合物从Beads洗脱下来，之后可以采用Western Blot技术检测特定的结合蛋白，还可以采用质谱方法鉴定与目标RNA结合的未知蛋白。
辉骏生物10年科研服务经验，专业提供分子互作实验服务，包括蛋白与蛋白、蛋白与DNA、蛋白与RNA、RNA与RNA的相互作用技术，经验丰富，实验结果稳定、可靠。
我公司自有分子、细胞和质谱实验平台，能执行最优的实验路线，对微量互作蛋白的质谱鉴定有充足把控力，对后续功能分析有独到见解。
我们不仅会提供专业的售前方案建议、而且售后技术支持将一直保持到文章发表，确保您安心进行下游实验及投稿。
目前，客户已在Nature子刊、Oncogene、Cell Research等高水平期刊成功发表大量高分文章（点击查看客户文献）。
RNA结合蛋白（RNA binding protein，RBP）是一类功能强大而广泛的调节因子，约占细胞编码的所有蛋白的5%~10%。目前除了少数RNA以核酶形式单独发挥功能，
大部分RNA通过与蛋白结合形成RNA-蛋白复合物来发挥作用。
一方面，RBP参与RNA合成、可变剪接、修饰、转运、翻译及胞内定位等多个转录后调控过程，调控mRNA稳定性、lncRNA活性、miRNA沉默复合体形成等生物学过程；
另一方面，RNA也会调节这些蛋白质的活性、定位或与其他蛋白质相互作用，从而影响RBP介导的各种细胞事件。RNA与蛋白质的相互作用对于维持细胞稳态是非常重要的，
干扰这种相互作用将会导致细胞功能失调和相关疾病的发生。
目前研究RNA-蛋白质相互作用的方法分为两大类：一是以感兴趣的RNA为中心，寻找与该RNA结合的蛋白质；二是以感兴趣的蛋白质为中心，寻找与该蛋白质结合的RNA。
RNA pull down属于前者，通过体外转录的方式将感兴趣的RNA带上标签，通过该标签使RNA结合到树脂支持物上，再加入样本蛋白质与RNA结合，洗涤、洗脱得到与
目标RNA结合的蛋白质。
| 服务项目 | 服务内容 | 结果交付 | 实验周期 | 客户提供 | 价格 |
RNA pull down WB （验证型） | 制备RNA正义链和反义链探针 | 探针电泳图 | 4-5周 | 实验样本 目标基因质粒模板 待测蛋白抗体 实验信息表 | |
| Western blot检测样本中的待测蛋白 | Western blot检测图 | ||||
RNA pull down捕获目标RNA及其结合蛋白 | RNA pull down实验报告 Western blot检测图 | ||||
RNA pull down MS （筛选型） | 制备RNA正义链和反义链探针 | 探针电泳图 | 6-7周 | 实验样本 目标基因质粒模板 实验信息表 | |
RNA pull down捕获目标RNA及其结合蛋白 | SDS-PAGE银染检测图 RNA pull down实验报告 | ||||
| LC-MS/MS检测及数据分析 | 质谱检索结果及报告 互作蛋白筛选表格 生信分析结果和报告 |
| 样本类型 | RNA pull down WB建议送样量 | RNA pull down MS建议送样量 |
| 动物细胞 | 3*10e7个细胞/组（约3个10cm皿） | 5*10e7个细胞/组（约5个10cm皿） |
| 动物组织 | 1g/组 | 2g/组 |
| 植物叶片 | 2g/组 | 4g/组 |
| 植物根或果实 | 4g/组 | 8g/组 |
| 菌体 | 50ul菌体沉淀/组 | 100ul菌体沉淀/组 |
▲注意：以上均为每组样本的送样量，如果实验和对照组用的样本一致，此样本量*2。详细送样指南可联系辉骏生物索取。
保存及运输：-80℃保存，干冰取样/运输，至少在送样前2天通知我司。
左：RNA pull down WB检测图（阳性）； 右：RNA pull down MS产物银染图
RNA pull down MS质谱检索表格（部分展示）
正义链组独有蛋白（潜在结合蛋白）的生物信息学分析结果（部分展示）
The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia.
Journal of Hematology & Oncology. 2020. (中科院1区，IF=23.168)
大量的临床样本检测发现，一个长链非编码RNA(LncRNA)“LAMP5-AS1”在混合系白血病(MLL)中高表达，因此研究者们继续探索了它在MLL中的的作用机制。通过RNA pull down和RIP-qPCR技术，他们发现了LAMP5-AS1的潜在结合蛋白—DOT1L（一种H3K79甲基转移酶），并通过ChIP-seq和ChIP-qPCR实验证明LAMP5-AS1能够影响MLL融合蛋白核心靶基因的H3K79me2/3水平。本研究确定了lncRNA LAMP5-AS1在MLL白血病细胞的自我更新和分化阻滞中起重要的作用，对维持DOT1L酶的高活性有重要意义，可能成为治疗MLL白血病的一个有价值的靶点。
| 1. Bao. X.C. et al: The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters. Cell Research, 2015. 中科院1区，IF=46.297. 【研究内容】：作者通过RNA pull-down、RIP-qPCR、CoIP等技术，证实了lincRNA-p21与HNRNPK结合，并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成复合物。该复合物甲基化了多能性基因的启动子序列及相应组蛋白，并改变了它们的表达量，从而进一步影响体细胞重编程过程。 使用相关技术：RNA pull-down |
| 2. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods, 2018. 中科院1区，IF=47.99. |
| 3. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene, 2020. 中科院1区，IF=8.756. |
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十年服务经验，客户成果发表在Nature Methods，Oncogene，Cell Research等高水平期刊上。
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对围绕RNA结合蛋白开展的整体课题提供全方位指导，包括上下游实验设计和结合蛋白的多方法验证等。
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自有蛋白质组学平台，对RNA pull down产物这类微量蛋白的质谱鉴定有十足的把控能力，对后续的生物信息分析有独到的见解。
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售后技术支持将一直保持到客户发表文章，确保客户安心进行下游实验及投稿。
